医学文献（共12篇）
医学文献 篇1
摘要：医学文献信息技术的深入应用为医学编辑评价医学文献的科学性、创新性和推广性带来方便。本文阐述了医学信息研究在实际编辑业务中的运用。医学期刊编辑需要掌握医学文献信息的内涵和发展动态,为医学期刊的良性运作提供有力的支持。
关键词：医学期刊,编辑出版,文献,情报研究
0 引言
现代医学知识正以飞快的速度更新和传播,对医学期刊编辑来说一定要正视这样的挑战。网络信息技术是这一现象的创造者。医学编辑要掌握最新医学研究的脉搏、为大众传播有价值、有益健康的医学知识。医学文献信息的研究工作正在占有医学期刊编辑工作的各个环节。现将医学文献信息研究在编辑工作的各个环节中的应用总结如下。
1 来稿的信息化处理
稿件的初审和编辑修改加工是期刊编辑基本的日常工作[1]。医学期刊的来稿涉及医学研究各专业,均代表各专业领域新的医学研究和先进的科学思想。而医学编辑人员并不一定是从事医学研究的工作者,不能对稿件涉及的领域有深入的研究和对稿件进行科学评价和修改。现代专业的医学信息数据库为医学编辑全面、客观地评价大部分医学来稿提供了重要的依据。医学文献信息的研究在整个稿件的评价和修改过程中起到了重要的信息辅助的作用。
1.1 一般医学稿件的学术不端比对与查新工作
一般稿件的重复率比对和查新是编辑工作的开始也是根本,一名医学编辑需要掌握一篇稿件评价的第一手资料并进行后续的编辑修改工作[2]。通过网上比对,医学编辑可以充分了解已经发表的论文与该稿的重合率及相似度。从而判定来稿的创新性、新研究进展和是不是抄袭。
1.2 发挥来稿的特色
相对有创新的稿件是最得编辑青睐的。有时来稿中非同质化的稿件很少,对这种特殊稿件进行评价和编辑加工,对医学编辑是一个挑战,也是一个严峻的考验。在编辑加工中凸显来稿的特色,充分发掘来稿的医学学术价值。但是特色是需要比对才能明确。通过检索相关的医学信息文献,与相近、相关或相同文献的比对,明确文章的特色,在编辑修改中将其凸显和补充,可以很大地增强文章应有的学术价值,而且有理有据。
1.3 医学用语的规范
编辑加工中,规范医学稿件词语是医学编辑的重要任务,也是编辑快速查找医学文献的好帮手。CBM和Pub Med在词语控制和定义方面是比较先进和规范平台,是医学期刊编辑部首选的专业词汇规范来源。Pub Med提供主题词树状结构表,主题词注释,同义词/曾用词,参照相关等词类的服务。医学编辑可以全面系统地了解专业名词提供的工具,为编辑过程中的词语规范打下基础。
2 医学专业学科的信息追踪
医学期刊编辑的日常工作是追踪并评价所关注的医学学科或专题,特别是有广泛和深远影响的基础医学研究和应用医学技术的跟踪[3]。熟悉国内外的重要的医学专业信息数据库,熟练掌握相关的引文分析型的大型专业信息全文数据库及其文献计量技术,对医学编辑掌握医学专业学科的进展至关重要。
2.1 关注基础和临床综合的国际著名生物医学期刊
医学编辑要把握各个主要生物医学的主题及专题的发展趋势,及时搜索和浏览相关医学专业领域的期刊。形成医学编辑人员良好的捕捉医学信息的敏感性。优秀的医学期刊角度和方法独到、信息丰富,通常能让同行全面理解该研究的思想及技术线路并启发同业者进一步研究的灵感,也给期刊编辑对期刊对应栏目的策划提供了很好的思路和引导。
2.2 关注国内著名医学期刊
国内优秀医学期刊通常能比较全面、及时地反映医学领域的前言动态。医学编辑对此类杂志的跟踪,能够捕捉国内医学研究的最新进展。医学编辑同时把握基础医学研究和临床医学研究的国际和国内新进展,对医学编辑准确评价期刊的来稿的水平有重要的作用。医学编辑可以通过CNKI或CSTPCD选出优秀的医学期刊,通过咨询相关医学专家并结合自己的经验跟踪的医学核心期刊。
2.3 关注特色医学期刊和专业医学期刊
随着医学技术的快速发展,新旧期刊在新的专题栏目中不断涌现,医学编辑要保持对对新知识的关注,及时了解同行的各种新的创意,才能更好地开拓思路,取长补短。几乎所有的大型专业数据库都能提供良好的整刊浏览的功能,这些都为医学编辑定期跟踪研究同行刊物提供良好的技术手段。
3 医学文献信息的评价
3.1 专家及著者评价
期刊编辑要综合检索到的医学信息,明确核心专家和作者,进一步阅读和分析提供的文献材料,挑选写作及科研水平高的专家和作者,作为编辑工作的重点。实际证明这些专家和作者对杂志的发展很有兴趣和有学术方面的独到见解,医学专家及学者是编辑部最重要的审稿、咨询力量。编辑部也需要借助这些人来掌握了比较优秀的医学稿源。
3.2 读者的评价
一本期刊的质量和价值最终评价和检验的是期刊的读者。加强读者研究,同时也能让编辑及时地掌握医学期刊的质量和影响力。引文研究、点击和下载统计等网络信息技术和情报分析功能较好的大型信息数据库让医学编辑更好、更快地了解读者使用本刊的情况。传统的方法像比不同领域专家座谈,在校博、硕士研究生调查,基层读者调查等,能调查研究不同层次和不同领域的读者对医学期刊不同的需求。医学期刊可以增加和调整栏目和专题,更好地服务于读者。
4 结论
医学文献信息情报分析已经渗透在医学科技期刊编辑工作的每一天的工作环节中。充分运用广泛的医学文献信息资源和各种不同医学文献信息情报分析技术,能让医学期刊编辑获取广泛和最新的专业知识和信息支持,也能让编辑出版的医学期刊在种类和数量众多的期刊中找到自己的位置、品位和特色。
参考文献
[1]刘东信.养成能提高编辑技能的一种好习惯:文献检索与查阅[J].编辑学报,2007,19(3):231-232.
[2]朱红梅,张大志,游苏宁等.医学期刊编辑的学科专业素质及其培养[J].编辑学报,2007,19(3):228-229.
[3]Bruce PS,刘季蓉.医学期刊编辑的全球网络[J].编辑学报,1997,9(3):184-185.
医学文献 篇2
（review, survey, comment）
以某一专题为中心，收集近3~5 年大量相
关原始医学文献，经过阅读、综合、分析，揭示该专题的历史概况、最新进展以及发展
动向的概述性评论性论文
性质：科技情报研究类论文，即科技情报、信息的概述性评论性论文
材料：某学术领域已发表的原始医学文献
内容：某专题的历史概况、最新进展、发展动向
作用：是科学技术传播、交流的很有效方式，于作者、读者均很有意义。
一.文 献 综 述 的 作 用
㈠对于作者
1.通过文献综述的写作可以了解有关研究领域的方方面面
2.有利于科研选题和制定计划
3.可以帮助作者不断更新知识
㈡ 对于读者
1.能在较短时间内对所涉及问题有全面系统的认识
2.帮助选择研究方向，确定研究课题
3.帮助读者查阅相关的文献资料，起着该专题文献索引的作用
二.文 献 综 述 的 特 点
综述的研究对象：文献资料
综述的写作方法：分析综合综述的表现手法：叙述略加评论
㈠内容丰富，是写作，也是科研
1、要求能全面系统、高度浓缩反映国内外某一学科或某一专题在某一时期的概况，信息量大
2、同时要求文献资料来源广泛、全面、新颖，一般有一定的时间性，多数文献资料的来源要求出自近3~5年
通过文献对前人和他人已完成的工作进
行研究也是科学研究
㈡资料全面，不是堆砌，重在分析和归纳
引用文献较多，且要有代表性：
1、国外医学期刊发表综述文章引用的文献通常在150~250
篇者居多，国内相对较少，约30～50篇
2、引用资料选择上要求有代表性地选择国内外文献，一般
国外文献要求占70%以上
通过对一定数量文献资料的综合分析、归纳总结，不但
要反映所述问题的新进展、新动态和新水平，还要将作者自
己的见解寓意其中，即将作者的潜在倾向性贯穿于全文之
中，含而不宣
若能以不同于原作者的思路来总结、归纳，得出更加符合真理的结论，则虽是利用他人的结果和材料，亦属创见
㈢写 作 精 炼
1.综述的写作应做到选题明确、重点突出、精炼通顺
2.行文要精炼、达意、可读性强
3.综述应以事实为基础，在充分占有材料的基础上，进行适当的评论
国内医学期刊的综述一般限定在4000~6000字
三.文 献 综 述 的 种 类
1.现状综述
是国内外医学刊物中最常用的一种类型，是对某
一专题的新进展和新技术的近期相关文献进行综合分析评述
2.专题综述
多是由相关专业的专家对某一专题所发表的文献
进行关键性的评述，也称述评、专论、特邀专题
3.回顾性综述
较少用，其书写方式主要是按照时间顺序对某一
题目进行分析、评述
四.文 献 综 述 的 格 式
文献综述无约定俗成的结构，但格式相对
比较统一，一般分为前言、主体部分、小结
和参考文献四部分
㈠前言
前言是一篇综述的开始，应该开门见山，使
读者从中对该综述的主要内容有初步的了解，并
说明写作的目的，定义及有关的概念，阐明主要
问题的现状和矛盾的焦点，引出读者最感兴趣的综述的核心主体
㈡主 体 部 分
是综述的关键，这部分的书写关系到整个
综述的质量，综述的基本写作方法有两种：
通过提出问题加以叙述，称为“搭架填空法”
据问题的时间背景分节段加以叙述，称为“火
车接龙法”
1．提出问题加以叙述的“搭架填空法”
可根据具体情况分列若干小标题进行书写，在每一个小标题下，扼要地介绍：
① 已有的各种研究成果
② 指出不同于研究间的相互矛盾和相互支持 的方面
③ 指出共同的结论，并讨论矛盾发生的原因
2.依时间背景分节段加以叙述的“火车接龙法”
① 发展历史方面：写历史的目的是为了说明现状，是为了探讨、展示发展规律，从而导出现状，预测未来，不宜写成编年体，应选择有重大影响的事实
② 当前水平方面：应反映国内、国外发展的最新情况、概括出当前有代表性的几种观点、流派……说明其各自的特点和主要的成就和存在问题，是主要内容，占大篇幅
用 纵观 的手法反映历史发展，用 横比 的手法反映当前水平
③ 趋向预测方面：力求在上述纵横对比分析中，找出主流及其发展规律，从而预测发展方向 ㈢总 结（小 结）
1、将本综述的主要观点、结论以及研究水平
和发展趋势进行概括总结
2、应与前言所提问题相一呼应，使读者通过
对前言和总结的阅读就能了解该综述的主
要内容和观点
㈣参 考 文 献
1、相对比较多，国内期刊一般要求列出主要的参考
文献30篇左右，其中国外文献要占70%以上，应
选近3～5年内发表的原文
2、已全文阅读，不能将自己未曾阅读或从他人引用的文献中直接转用
3、各期刊均有其要求的规定格式，书写时应与期刊
医学文献 篇3
【关键词】非预防医学专业 医学生 预防医学教学 研究 实践
【中图分类号】G64 【文献标识码】A 【文章编号】2095-3089（2015）05-0221-02
预防医学作为医学的三大分支学科之一，是一门综合性很强的公共卫生学科，在整个医学体系中占有非常重要的地位。预防医学的研究对象有别于其他类别的医学，它是以群体为研究对象的，研究的是人群的健康与外部环境之间的关系，并以此为依据制定出促进人群身体健康、预防疾病发生的一系列的可行性方案。进入2 1世纪以后，人类的各种传染病、突发性死亡率都在不断的增长，预防医学显得越发的重要，因此，除了加强对预防专业的医学生的教育之外，还要加强对非预防医学专业医学生预防医学的教育，确保他们在将来的岗位中能够学以致用，更好地为人类的健康事业发光发热。
1.非预防医学专业医学生预防专业教学与实践的现状
20世纪80年代，教育部发出“加强对非预防医学专业预防医学教学”的通知，90年代教育部又在“面向21世纪高等医学教育改革”中专门设立非预防医学专业预防医学教育教学改革项目[1]。所以各大高校就开始了对非预防医学专业的医学生进行了预防医学专业的教学研究，并将其投入到实际的教学中去，对非预防专业的医学生开设了预防医学的课程，但是，由于此课程面对的是非预防专业的学生，所以，对从教教师是一种考验，教师要针对学生的现状制定新的教学计划，不可以将其与专业的医学生进行同等的教学，需要把握一个度。但是，由于这不是医学生所学的本专业，许多学生认为学习这门知识也不能将其运用到实践中去，就失去了学习这门课程的兴趣，所取得的教育成果就不是很明显。
2.提高非预防医学专业医学生预防专业教学与实践的措施
2.1选用教材是要严格
对于非预防专业的学生的教学的主要目的就是培养学生对预防观念、群体观念环境观念有所认知，进而是他们形成良好的预防观念与思维。因此，这就对教科书具有一定的要求，所选的教材的内容必须是在非预防专业学生的接收范围之内的，还需得到国家卫生与教育部门认可才可以。不得随意选用网络上的没有认证商标的教科书。只有这样，才能保证对非预防专业医学生的教学质量。
2.2加强师资队伍的建设
由于对非预防专业学生的教学是新开始的教学课程，所以，该学科的教学的各个方面还不是很完善，其中，比较突出的就是没有完整的、固定的教师团队，大多数都是从预防专业里借调过来的教师，或者是从校外聘请相关专业的教师进行教学，也就是说，非预防专业的教师的流动性很大，这非常不利于学生的学习，因此，加强非预防专业教育的师资团队的建设很重要。因为，具有结构合理、水平高超、相对固定的师资团队是提高非预防专业的教学质量的重要保证[2]。
同时，还要做好教师团队的教学质量的监督工作。一方面，要让参与教学的教师进行集体的备课、试讲与教案的编写，这样可以让教师就教学中所出现的问题进行探讨，共同寻找出解决问题的方法，还可以从教师的试讲中寻找出教师在讲课中存在的不足，及时的改正，确保非预防专业医学生的教育的质量;另一方面，要求校领导或者是教科研的人员进行听课，监督教师在课堂上对非预防专业学生的教学，并给予适当的评价与指导。还要求教师不断地改进自己的教学方式与方法，不断丰富非预防专业教学领域的教学方式与方法，完善教学模式的创新。
2.3增强学生的对预防专业的重视
要知道，对非预防专业的医学生进行预防专业的教学使为了提高医学生的综合素质，是为他们着想。但是，许多非预防专业的医学生却不以为然，认为这是在浪费他们的时间，因此，就要提高非预防专业的医学生的预防专业的重视，让他们认识到这门学科对他们的重要性，只有这样，非预防专业的学生才可以认真的学习这门课程，也只有这样，才可以不断地提高非预防专业医学生预防专业的教学质量[3]。
2.4加强非预防医学专业的实践教学
加强非预防医学专业的实践教学，让非预防医学专业的学生做到学以致用，把所学到的专业的知识理论运用到具体的实际生活中去。教师要带领学生进行教学实践，就是学生在教师的带领下到相应的社区进行实习，让学生在实践中感受医学预防专业对他们将来的从医道路上的重要性，锻炼他们的实践能力，以此为未来的工作中做好铺垫。
总之，要通过对非预防医学专业医学生的教育，让这些医学生建立起疾病的预防理念，增强学生的群体健康意识。在实际的教学活动中，要注重培养学生的学习兴趣，建立完善的稳定的师资团队，采用科学的、适当的教学方法与先进的教学模式进行教学，同时，还要教师不断提高自身的教学素养与专业素养，只有这样，才可以提高非预防医学专业医学生预防医学专业的教学质量，才可以不断地提高我国医学团队的整体素质，才能做好保障我国人民群众的健康工作。
参考文献：
[1]郭爱民，魏守刚，路孝琴等.非预防医学专业医学生预防医学教学的研究与实践[J].中国全科医学研究，2004，7（7）：459-460.
[2]王增珍，黄绪镇，陈立功等.预防医学社会实践和课堂教学改革及其效果总结[J].上海预防医学，1997，（12）：533-535.
医学文献 篇4
2012年12月, 《中国安全生产科学技术》杂志被中国生物医学文献服务系统 (SinoMed) 中的《中国生物医学文献数据库》收录。
SinoMed是由中国医学科学院医学信息研究所/图书馆开发研制。其涵盖资源丰富, 能全面、快速反映国内外生物医学领域研究的新进展, 功能强大, 是集检索、免费获取、个性化定题服务、全文传递服务于一体的生物医学中外文整合文献服务系统。
中国生物医学文献数据库 (China Biology Medicine disc, CBMdisc) 是由中国医学科学院医学信息研究所于1994年研制开发的综合性中文医学文献数据库, 他收录1978年以来1600余种中国生物医学期刊, 以及汇编、会议论文的文献记录, 总计超过400万条记录, 年增长量约35万条。学科涉及基础医学、临床医学、性化定题服务、全文传递服务于一体的生物医学中外文整合文献服务系统。
医学文献 篇5
专业 临床医学
班级07临本（2）班姓名
说 明
1．自拟课题，所有数据库均检索近五年的文献。
2．检索式包括：检索字段、检索运算符、检索词。
3．每一种检索工具检出的文献，选择3篇题录填写。题录包括以下事项：第一著者、文献标题、文献出处（刊名、年、卷期、起止页码）。
检索要求：
检索课题确定后，围绕该课题进行的各检索项目必须由本人独立完成。检索范围包括馆藏书目检索、网络数据库、网络检索工具（搜索引擎）、医学信息网站，最后还需要对所检数据库进行简要评价。通过独立完成综合检索报告，达到全面复习所学知识并提高网络信息查询技能的目的。
一、请利用本馆书目检索系统检索以下课题：
http://lib.xzmy.edu.cn/structure/smcx/smcx
1.按作者途径检索，查找 “钱信忠”或“闻玉梅”作者相关文献，请
列举二篇文献，《家庭病床手册》〈〈医学心理〉〉其中一篇文献的主题词是（手册）（医学）索书号
是（R-62/3）。
2.选用任意词字段检索有关护理学文献，选择其中一种文献，书名是
《 临床外科护理细节》，它的中图法分类号是
（R-47）？
二、文献检索基本知识，请回答以下问题：
1.文献从加工级次上划分可分为一次、二次、三次文献。那么《实用外科学》
是
（一）次、《医学百科全书》是（二）次、《全国报刊索引》是（二）次文献。
2.常用的布尔逻辑算符有：“与”用AND或（×）表示，表示同时含有
“与”前后的（两）个检索词才是命中文献；逻辑（或）用OR或（+）
表示，表示含有其中一个检索词或同时含有这两个检索词都是命中文献；
逻辑“非”用（NOT）或（—）表示，表示含有（NOT）前的词，而不含
有（NOT）后的词才是命中文献。它们各自的作用是（缩小）（扩大）
（排除），用布尔逻辑拟出自选课题的检索式。
课题名称：__临床护理___________________________________
（扩大检索）检索式__外科护理OR内科护理____________________
（缩小检索）检索式___新生儿护理AND妇产科护理
___________________
三、请利用本馆电子期刊数据库检索相关课题
1.全国报刊索引数据库
课题名称：_________________免疫学___________
检索年限：2004-2007
检索式：细胞免疫AND体液免疫
主题词：单克隆抗体胶体金灵敏度特异性
分类号R392-33D919.4
检出记录数：123
填写3条文献题录
1, 姜燕 吗啡和甲基安非他明单克隆抗体联合胶体金检测试卡的研制中国免疫学杂志
2007,23(7).-637-6402、葛威免疫学方法在科技考古学中的应用东南文化 2007,(6).-41-443、苗文庄 低、中强度乒乓球训练对男性大学生机体免疫能力的影响天津体育学院学报
2007,22(6).-529-
5322.《万方数据》http://202.200.21.155:8666/
检索年限：2004-2007
检索式： 牙齿AND牙龈
主题词：牙龈出血牙结石牙周袋
分类号：R780.1R787
检出记录数52：
填写3条文献题录
1、、黄晓刚福建省老年人牙周健康状况及其对口腔健康生活质量影响的研究中国学位论文全文数据库
2、赵雪牙周炎危险因素及牙周基础治疗影响因素的研究 中国学位论文全文数据库
3、郭红梅增强sIgA应答抗牙龈卟啉单胞菌FimA蛋白DNA疫苗实验研究 中国学位论文全文数据库
3.（中国学术期刊）http://202.200.21.155/kns50/Navigator.aspx 检索年限：2004-2007
检索式： 医学AND健康
主题词：地方院校;篮球选项课;运动损伤;预防措施;
分类号：J
检出记录数 3710
填写3条文献题录
1、周大军;论地方院校篮球选项课中的运动损伤与预防 中外健康文摘(新医学学刊), , 编辑部邮箱
期刊荣誉：ASPT来源刊CJFD收录刊2007-10-069
2，雷菊华;健康教育在儿科病房的实施与体会 中外健康文摘(新医学学刊), , 编辑部邮箱期刊荣誉：ASPT来源刊CJFD收录刊2007-10-196 3，杨祥银;婴儿死亡率与近代香港的婴儿健康服务(1903—1941年)中国社会历史评论, ,期刊荣誉：2007-00-009
四、网络工具或网络虚拟资源
你认为较好的搜索引擎及医学资源站点主要有哪些（请各列举两个）
1.搜索引擎
百度 Google
2.医学资源站点
1:.cn
以上报告请于2009年5月15日之前完成。传送地址：邮箱（yuef86@126.COM）或A4纸打印或手写稿完成。请注意书面整洁。
医学文献 篇6
小左和小右是一对双胞胎兄弟，他们出生在医学世家，从小耳濡目染，对医学有着极大的兴趣。18岁高考那年，他们所有的志愿都是填医学院。令父母高兴的是，他们双双被首都医科大学录取了。
因为分数不够，小右被调剂到基础医学专业（八年制本博连读）。尽管小右对做医生有着强烈的向往，但是，基础医学并不是培养医生的专业，毕业后也不能考执业医师资格证。“虽然咱们以后不能当医生，只能做实验、搞科研，但是咱们对于医学的贡献一点都不比临床医生少。咱们研究的是现代医学的基础，比如疾病的发生机理、疾病的预防和治疗，等等。”这是入学时，辅导员对大家说的话。听完了辅导员的这番话，小右对这个专业有了重新的认识。
而弟弟小左则走在一条通往临床医生的路上——临床医学专业的学生既要学习扎实的基础医学理论和一定的预防医学知识，又要学习病因判断，以及怎样给予患者最合适的治疗，这些都是做医生的基本功。这对于刚刚迈出高中校门的小左来说，并不容易。
《求学》点津：有下列情况者不宜就读医学类专业。
1.任何一眼矫正到4.8，镜片度数大于800度者。
2.一眼失明，另一眼矫正到4.8，镜片度数大于400度者。
3.两耳听力均在3米以内，或一耳听力在5米以内，另一耳全聋者。
4.斜視、嗅觉迟钝、口吃者。
勤学·医学生的酸甜苦辣
刚开始，兄弟俩所学的课程都差不多，比如医学物理学、医学生物学、系统解剖学、组织学与胚胎学、医学免疫学、内科学、外科学等都是他们的医学基础课程。
到了大三，他们的课程设置就开始有了明显的区别。小左要开始学习妇产科学、儿科学、医学影像学、中医学、皮肤性病学、眼科学、耳鼻咽喉科学、传染病学、神经精神医学、口腔科学等更偏向于培养临床医生的课程。大三暑假，小左学习的主阵地也从学校转到了医院。于是，他有了第一次给患者检查身体，第一次给患者写病历，第一次帮患者换药、拆线，第一次给患者做腹腔穿刺检查等经历，这一个个生涩的“第一次”，构成了现实版的“医生养成记”！他常常说，学习临床医学，非常考验一个人的逻辑思维能力，要知道如何通过现象来找出患者的病因。他每天都像工作狂一样穿梭在图书馆、病房、手术室之间，并乐此不疲。
而哥哥小右也已经有了心仪的导师和明确的研究方向，他泡在实验室里的时间也越来越多了。读不完的文献、做不完的实验、考不完的试成为他学习生活的主旋律。此外，他还在老师的指导下尝试着写论文。基础医学专业的学生一定要继续读硕攻博，这样才有可能找到对口的工作。所以小右常常会和学弟学妹们说：“选择这个专业之前，你一定要想清楚自己是否适合做科研，是否愿意长时间坐冷板凳，能够忍受漫长的修炼过程。当然，当你有了自己的研究成果，你所写的文章让医学人受益，也让患者受益，这种成功的喜悦是任何专业的学生都无法体会得到的。”
转眼到了第五年，忙碌的学习与工作并没有将手足之情冲淡，他们反而因为有着同样高强度的学习经历而有了更多的理解与包容。他们在自习室里并肩作战，实习时在深夜两台手术的间隙给对方送去方便面……
《求学》点津：基础医学属于基础学科，是现代医学的基础。基础医学是研究人的生命和疾病现象的本质及其规律的自然科学。“临床”即“亲临病床”之意，临床医学是研究疾病的病因、诊断、治疗和预后，从而提高医生的临床治疗水平，促进人体健康的科学。
学成·未来的颜色
一转眼，五年的时间过去了。小左毕业后被保送至本校攻读研究生，而小右的博士生涯也正式开始了。
有很多学弟学妹会让他们推荐一些院校，小右说：“很多‘985工程高校的基础医学专业实力都很强，如北京大学基础医学院，师资力量雄厚，实验室的设备也很好;上海交通大学的病理学与病理生理学是国家重点学科，该校的基础医学院有65位博导。此外，复旦大学、中南大学、中山大学、浙江大学、华中科技大学等名校的基础医学专业也实力强劲。”
面对想学临床医学专业的学弟学妹们，小左这样说：“我觉得开设有八年制临床医学专业的学校都实力强劲，如北京协和医学院、北京大学医学部、南方医科大学、复旦大学、上海交通大学、中山大学、四川大学等。临床医学专业的学生毕业后大多会做专科医生，所以要将自己的理想与学校的专科实力结合起来考虑，比如，中南大学的精神病学实力非凡，武汉大学的口腔医学赫赫有名。”
转眼就进入了毕业季，兄弟俩最终都能在北京工作。小右留校搞科研，他的同学有的去了医院，有的进了药企;小左则进了北京的一家医院做医生，他的同学有的做卫生系统公务员，有的做医药杂志编辑。
兄弟俩都很清楚，在人生路上，只要不断努力，他们的未来一定非常精彩。
精准医学与影像医学 篇7
医学科学的进步,可谓一日千里,日新月异;大家越来越注意到,精准医学这一名词近来成为越来越多的医学工作者及医学杂志热议的话题。精准医学由何而来,如何演变,去向何方,和影像医学有着怎样的联系,我们应当如何去认识它,如何才能使它为我所用,从而指导临床和科研的方向,是当前医务工作者需要明确和解决的问题,本文将就这一问题进行论述。
1 精准医学的概念和起源
精准医学的英文名称为precision medicine,何为精准,其实精准的概念最早来源于精准武器,它由高精确度制导系统引导,远距离直接命中目标[1]。2004 年,新英格兰医学杂志刊登了一篇关于基因检测为指导的用药论文,提出了“精确打击”这个新概念,受到了医学界,特别是肿瘤治疗学界的追捧。2012 年11 月,新英格兰医学杂志刊登的论文系统提出了精准医学的纲要,对精准医学的理念、内容、未来发展趋势进行了阐述。而2015 年1 月,美国总统奥巴马在国会提出,要把精准医学作为国家战略,计划2016 年投入2.15 亿美元推动,更是在全世界掀起了探讨及推行精准医学的热潮[2]。
按照美国国立卫生研究院(NIH)对“精准医疗”的定义:“精准医疗”是一个建立在了解个体基因、环境以及生活方式基础上的新兴疾病治疗和预防方法[3]。从精准医学的概念,我们可以清楚地了解精准医学的意义:现代精准医学是通过生物样本库得出完整的临床信息,结合分子影像,大数据分析,形成个性化的治疗方案,并贯穿于诊疗的全过程,从而优化诊疗,精准治疗,最终实现增加疗效,解决治疗不足、治疗过度问题,减轻治疗的损伤,降低费用的目的[2]。
2 精准医学开发应用的现状
2.1 当前的医疗模式及发展精准医学的必要性:全美每年2 兆美元的医疗费用中,至少有30%花在了不必要的、甚至是有害的治疗上[1]。同样,我国目前的医疗制度和现状也存在着不尽人意的问题,粗放化的诊断和治疗导致低效和高耗,继而成为导致医保资金不足和医疗资源惊人浪费的原因之一。过去的模式下是按照器官划分肿瘤,如肺癌、乳腺癌、胃癌、肠癌等,然后再根据病理形态划分不同类型,而现实情况是有些患者,其实是在盲目化疗,药物对他根本没用甚至有害。基因和分子生物学研究则表明,同一器官肿瘤具有不同的分子异常,应该用不同的治疗方法,而具有同一种分子异常的不同器官的肿瘤具有相同性质,可以使用同一种治疗方法;因此基因检测可以有效指导诊断和治疗。这种通过基因来诊断和治疗肿瘤的精准和高效体现了精准医学的优势所在。
医疗的目的是患者最大获益,同时需兼顾社会公平与效率。精准医疗模式本着患者的最大获益和社会医疗投入的高效配置为宗旨,为每一个人提供量体裁衣般的疾病预防、筛查、诊断、治疗和康复计划,以最小资源投入获取最大健康保障,从而提高整体人群的健康水平。
2.2 迈向精准医学所需的必备条件:这种“在正确的时间,给正确的人以正确的治疗,而且要次次如此”这一目标,是目前的医疗体系无法实现或者很难实现的,实现这一过程也将从根本上改变目前的医疗模式,因此,说“精准医疗”是一场革命并不为过。从技术角度讲,首先是生物芯片、蛋白质技术发展带来的人类基因组测序技术的革新;其次是分子影像、手术导航和微创技术等生物医学分析技术的进步;再次是大数据分析工具的出现,为精准医学的实现提供了必要的物质准备[4]。从内涵上讲,精准医学又与预防医学、基础医学、转化医学、生物医学、计算机学,甚至法律、伦理、社会等很多学科息息相关。具体到医疗行业,从医疗管理机构到医护人员的培训和管理等多方面都要发生与精准医疗相适应的变化:比如疾病分类的方法的转变、专业术语的更新、临床诊疗原则的制定、从业人员标准提升、医疗IT系统服务能力的改进等[5]。因此,精准医学这一目标的实现,将必定经历复杂、长期、艰苦的努力和一系列配套措施的跟进,需要跨学科、跨领域的研究和互动。
3 影像医学在精准医学中的地位、作用及面临的挑战
3.1 精准医学的支柱之一、 影像医学的发展方向——分子影像:精准医学实际上是在个性化医学的基础上发展起来的,借着个性化医学的理念,联合了很多影像的资料,指向的是每个患者的需求。未来的影像医学将从目前以形态(解剖)为基础的诊断向功能诊断、分子水平诊断发展。个性化医学将是新医学模式的核心之一,而影像医学检查技术,将可能是个性化医学的核心和基础;影像医学应该从原来提供单纯的影像学信息,主要是形态学信息向提供生物学信息进行转变。
分子影像是将先进的影像技术与分子生物学技术、计算机信息处理技术等多门学科互相融合,在分子水平进行成像的一门边缘学科[6]。2005 年,美国核医学会(Society of Nuclear Medicine,SNM)和北美放射学会(Radiological Societyof North America,RSNA)共同规范了分子影像的定义[7],即 “通过直接或间接监测并记录分子或细胞的时空分布来显示生化、生物、诊断或治疗过程”。分子影像学在疾病的早期诊断、活性药物筛选、甚至实时评价治疗效果等方面都发挥着越来越重要的作用。比如,分子影像与患者的临床诊治密切相关,可以揭示疾病的生物学过程,指导个体化治疗及新药的研发和应用[8]。在肿瘤方面,分子影像可以准确地显示肿瘤的特征和生物学行为、指导临床诊断和分期、评估治疗靶点、监测治疗效果以及判断预后等[9];在心脏疾病方面,分子影像可个体化评估并指导治疗心肌缺血、心力衰竭、粥样硬化斑块和血栓形成、新生血管生成及移植后排斥等[10];此外,分子影像还是神经系统疾病患者早期诊断、风险分层、治疗评估和随访的重要工具,在神经系统肿瘤、痴呆、运动异常、癫痫和心理疾病的诊疗中,也起着日益重要的作用[11]。
分子影像作为基础和临床共用的工具技术,也必将成为转化医学的主要路径之一。利用分子影像技术,在基础研究方面,可以对活性分子在单个细胞或整个有机体中发挥生物活性的机制进行研究;在临床上,最终可能利用基础研究得到的信息,针对不同的患者建立个体化的病变组织乃至细胞的功能档案,生产有针对性的药物,进行个体化诊断和治疗。总而言之,分子影像作为转化医学的主要工具,将可能在以下三个方面发挥重要作用[11]:(1)从分子和细胞水平研究疾病的发生、发展和转归,指导临床及时采取有效手段进行预防和治疗;(2)在药物的研制、开发和评价中发挥作用,指导临床对患者分层治疗,甚至个体化治疗;(3)在诊断和治疗新技术、新方法(如基因治疗、干细胞治疗等)的转化和应用中发挥作用。 此外,分子影像技术在基因治疗、分子靶向治疗和立体适形调强放疗等新技术、新方法的相关基础研究、转化应用、临床治疗指导和效果评估中,也将发挥着重要的作用。
3.2 影像工作者如何应对精准医学:在”精准医学”如火如荼的发展趋势下,早在2012 年第98 届RSNA已经提出 “患者至上、诊断精准”的新方向,为未来医学影像“以患者为中心的早期、精准、安全诊断以及有效辅助治疗”的终极目标奠定了基础,同时也提出了在精准医学中精准诊断的重要意义以及价值,“患者至上,精准诊断”为现阶段影像医学的努力目标。
那么,现阶段如何才能实现以“患者为中心的早期、精准、安全诊断”呢? 作为广大的影像工作者,分别处于不同级别的医疗与科研单位,尤其在分子影像领域,实际能够参与及开展的工作均受到诸多因素制约(如实验室的设备、条件、环境、经费等)。然而,在日常工作中,影像诊断手段(如X线、CT、磁共振、超声、正电子发射计算机断层显像(PET-CT)等)的比较选择,应针对患者不同的病情,选择最简便、最少损伤、最少费用的方法,达到最佳诊断目的至关重要;而针对每一位患者设计个性化的检查方案并付诸实施,是我们日常工作中首先面临的任务,以CT成像为例,众所周知,对比剂、患者、设备因素共同影响CT的图像质量[12],比如患者的体质量、年龄、性别及检查部位等要求不同的个性化扫描方案,以达到辐射剂量和造影剂用量最小化、强化效果和图像质量最优化、诊断结果精准化。这样才能以最小的代价换取最大的诊断效果。而在更重要的诊断与鉴别诊断中,依据不同的年龄,结合各自不同的临床症状、体征及实验室检查,纵观影像检查后的阳性表现,再精密分析与推理,给出最合理的诊断意见,都将是“诊断精准”所涵盖的内容,也将是实践“患者至上,精准诊断”的必经之路。而要达到此目的,也必将对影像医学从业者提出更高要求:崇高的职业道德与操守;不断强化解剖、病理知识,并与影像知识有机结合;不断地与时俱进,不仅体现在专业基础上,更要广泛地与临床密切地结合、向临床学习,掌握新概念、新动态。诚然,这些都将对临床工作者提出更高的要求,也是践行“精准医学”“精准诊断”的基础与前提。
参考文献
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[11]吴晨希,朱朝晖,李方,等.分子影像:转化医学的重要工具和主要路径[J].生物物理学报,2011,27(4):327-334.
医学文献 篇8
关键词：循证放射学,医学文献,阅读
医学是一个知识不断更新的动态领域。美国医学教育成果评审委员会的报告认为客观分析能力属于“医学知识”,基于实践的学习和改进的能力均含于循证医学之中 [1]。另外,美国放射学会也强调客观分析思维能力是住院医师的研究能力的体现[2]。
期刊论文阅读训练是一种有效的形式以普及学习循证医学及客观评价[3]。论文阅读训练的困难之一是如何挑选合适的文章及掌握正确的阅读分析方法。此外,有学者指出[4],如果不熟悉病理生理和影像学表现,分析医学影像学文献亦有困难。期刊论文阅读训练的目的是从中学习,学会客观思考分析文献的能力。本文为文献阅读和客观评价提供基本的思路。
1 通篇阅读文章时需要注意的问题
阅读文章可能有无数的方法。无论采取哪一种方法,通篇阅读文章是必要的。最初读这篇文章的时候,应该记住以下几个问题:①作者试图解决什么?②关于研究的问题或假设的普遍观点是什么?③作者对主题的特独特的问题是什么;关于这个主题,什么是已知的?④主题是否新颖?
2 如何系统的,客观的分析文献
摘要:
摘要是对整个研究提供一个简洁的概述。对于原创的研究论文,摘要普遍包含目的、材料与方法、结果和结论四部分,也可能因期刊不同摘要的结构有所不同。但是,所有的摘要应包含文章的重要信息。在目的部分,作者应简单介绍一下这项研究的主要目标。在材料和方法部分,作者应解释研究是如何进行的。在结果部分描述主要结果。在结论中,作者应说明是否达到主要的研究目标,并对研究意义进行陈述。阅读摘要时要注意的问题有:在不阅读整篇文章的情况下,摘要是否能充分概括、清楚反应文章的内容,摘要地内容和论文主体是否存在较大的差异(有学者[5]报道此现象发生率在18-68%),摘要的结论是否对应作者的特别研究目的等。
引言:
文章的引言部分提供了研究的理论基础、解释研究的具体目标。阅读此部分时,需注意的具体问题包括:作者试图解决的问题是什么, 是否引言提供了研究问题的基本框架,围绕作者问题的一般观点是什么,作者是怎样对已知主题提出自己问题,作者的假设是否建立在符合逻辑的背景上,作者的假设和研究的目的虽然不一定在引言的最后一段出现,但应该是很容易识别。如果作者的问题不是清晰可见,研究有效性会被质疑。其他的问题有:作者的要研究问题是否已有其他答案,如果有,是否已在背景知识中介绍,文献是否包含重要主题,有的研究虽然研究设计及完成都不错,但从研究中得不到可用于临床的信息。
材料和方法:
材料和方法部分包含的信息有研究对象、实验设计、数据收集以及数据分析方法。正如学者所说[6],材料和方法部分在本质上是一个蓝图,其他学者应该通过它重现研究。材料和方法部分,在许多方面,是文章中最重要的部分。写的好的材料和方法部分能清楚的解释作者的研究方法。正常情况下,研究方法应包括研究对象的来源、纳入和排除标准、对象的分组、采取的干预或测试(包括技术参数的描述)和数据分析的方法。当阅读材料和方法部分时,带着问题去读非常重要。应该注意的问题有:作者采用的研究方法是否合理, 在实验设计中常出现的缺陷是研究方法不能充分验证假设。研究的内在有效性也就是研究的质量,其主要指标是研究是否采用了合适的研究方法。一个设计良好的研究尽可能的减少和消除偏移和混杂因素。偏移不是一个贬义词,而是反映结果偏离事实真相的程度,偏移不同于随机误差。混杂因素来源于病人的特一性和其他的因素。因此,一个设计良好的研究应该是各对象组尽可能地匹配。除有目的的干预外,要确保各组无差异。阅读材料和方法部分的关注点包括:对象是如何选择的,是否随机选择,连续入列还是抽样选择,纳入和排除标准,所选对象是否代表目标群体,实验组的可比性,实验组之间是否唯一区别只是干预不同,随访时间是否足够,对没完成整个研究过程的对象是否进行意向处理分析,评估研究内在效度时,应注意的是否评估了诊断测试或干预。在放射学文献中,分析检测的性能或治疗干预的有效性是较典型的研究。就研究方法而言应考虑以下几个问题:诊断实验或干预评估的选择对象是否合适,例如,被评价的检查方法或干预是否在临床实践中经常使用,诊断实验或干预是否有一个独立的参考标准相比,如果是这样,是否在双盲的条件下进行的比较,测试或干预在其他独立的实验组是否有效。实验分组和分组调整很重要,以确保各组的可比性。同样重要的是确保测量公正,以避免测量偏差。研究可能是单、双或三盲。在双盲研究中,受试者和研究者均不知道研究对象的分组。对于诊断实验,放射科医生不仅要求对标准诊断结果处于盲态,对病人病史和以前的影像资料及实验室检查结果均处于盲态。还要注意观察者和观察者之间的差异,如果同一观察者对多个实验对象进行测量,对象间测量的差异是否报道;同样,如果有多个观察者来测量,观察者之间的差异是否报道;其它要考虑的问题包括:成像方法是否详细描述,对成像测试或手术评估是否用相同的参考标准,在研究设计中是否充分考虑同一技术里存在不同版本,是否考虑到辐射暴露,图像是怎样回顾分析的,图像评价是在PACS上还是硬盘拷贝的。
结果部分:
结果部分介绍从研究中发现的结果。一个写得好的结果应该是符合逻辑、描述清楚。通常情况下,数据以表格、图形和图表呈现。图中的数据应该同文中的数据一致。此外,结果部分不应该包含多余的数据。分析结果时,应考虑的问题有:列出的数据有哪些,数据是否符合研究方法,这些数据来源是否清楚,得到数据的手段是否清楚,是否列出所有的数据。研究的结果可能还包括其他评估,包括敏感性和特异性、阳性和阴性预测值、绝对风险降低和相对风险降低等。
讨论:
在讨论中,文章的作者应说明是否验证了他们的假设。此外,作者应该回顾评价与之相关的其他研究,是否与其他研究发现有区别,如果有应予以解释。通常情况下,作者在研究讨论中会解释方法的局限性。此外,经常在的讨论中强调研究的结论。阅读讨论时应该关注:作者从数据中得出了什么样的结论,读者是否会得出相同的结论,作者的结论是否基于方法和数据的支持得出,从数据中得出的结论是否与作者的结论一致,如果不一致,返回结果看发生差异的解释可能会有帮助。结果和结论是否适用于临床实践,作者是否意识到研究局限性,是否有额外局限性没有阐明,作者是否充分考虑到意想不到的结果。
上述问题为客观分析文献提供了一个基本的框架。当然,由于研究方法随假设的不同而不同,这些问题只代表普遍问题,而不是全部内容。
3 结语
医学是一个知识内容不断变化的领域,同时也是知识不断壮大完善的体系。理想的情况是,在临床实践中应体现“系统的应用最新研究的来评估临床可选项和决策”[7]。因此,作为医生,不仅仅只是科学和医学研究成果的应用者,更是研究者。研究的有效性和可信性依赖于所使用的研究方法。在一个理想的研究中,应修正所有的偏移,消除所有的混杂变量。但在临床研究中,消除所有的偏移和混杂变量是一个不可能完成的任务,所有的研究均有其局限性。因此,分析研究时,很容易变得过于挑剔。
客观的分析目的是确定有局限性的研究的结论是否有效和有用。最后,确定到底应该相信结果吗,是否在病人和临床实践中运用这些研究结果。只有通过仔细阅读和深入的分析,才能得到合理的回答。
参考文献
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[6]Provenzale JM,Stanley RJ.A systematic guide to revie-wing a manuscript[J].AJR,2005,185:848-854.
医学文献 篇9
信息爆炸时代, 各行业每时每刻都在产生和积累大量的以各种形式保存的信息, 这些信息以指数级的速度不断积累和增长, 如何快速准确地从这些纷乱的数据中提取出有价值的信息是急待解决的问题。文本挖掘是指从大量文本数据中抽取事先未知的、可理解的、最终可用的知识的过程, 同时运用这些知识更好地组织信息以便将来参考[1]。如今文本挖掘已经成为国际上非常活跃的一个研究领域。
随着生物医学领域的快速发展, 生物医学文献呈指数级增长, 成为一座巨大的知识宝库。然而面对如此大规模的、快速增长的科学文献数据, 即便是该领域内的专家也无法依赖手工方式从中获取感兴趣的信息。由于生物医学文献绝大多数都是以非结构化的形式存在于文本文件中, 因此采用文本挖掘技术对生物医学文献数据进行管理是非常有必要的。
二、文本挖掘过程
文本挖掘通常包括文本数据预处理、特征信息提取和数据挖掘三个步骤。文本挖掘过程如图1所示:
文本数据预处理的质量会直接影响到最终的结果, 英文文本数据预处理包括无用词过滤和词干化处理。文本特征信息提取是将非结构化或半结构化的文本数据转化为挖掘工具可以处理的中间形式的过程, 特征提取首先要识别文本中包含重要信息的特征项。本文采用数学模型来表示这些特征项, 常用的特征表示模型有布尔模型、向量空间模型和概率模型, 通过特征表示得到的向量维数较高, 特征抽取的基本思想是利用映射的方法将高维特征映射到低维空间中, 特征抽取一般是构造一个评价函数, 然后对每个特征向量进行评估, 删除评估分数较低的特征向量。经过特征信息提取之后, 文本数据以结构化形式存储在数据库中, 因此计算机就可以对文本数据的特征信息进行分类、聚类、关联分析和趋势分析等数据挖掘处理。
三、文本挖掘技术在生物医学文献管理中的应用
将文本挖掘技术应用到生物医学领域中, 通过挖掘文本数据发现生物医学的规律, 能够提高生物医学文献管理的效率。
(一) 生物医学文献分类
对生物医学文献进行合理分类可以对文献的组织和搜索带来极大的便利, 也为进一步的数据处理打下基础。文本分类是指将文本数据映射到预先定义好的类别中, 我国常用的分类方法有基于距离的方法、决策树分类法、贝叶斯分类法等。生物医学文献语料库是对生物医学文献分类的基础, 目前国际上可以公开获取的生物医学语料库有:GENIA语料库、Yapex语料库、PDG语料库等。另外由于生物医学文献中的专用术语较多, 有些术语在文献中出现次数不多但非常重要, 具有很强的分类特征, 因此如何在已有的分类方法的基础上设计出符合这一特点的算法来提高生物医学文献分类的准确率和效率是亟待解决的问题。
(二) 生物医学文献关系抽取
生物医学文献关系抽取的目的是从文献信息中找出生物实体之间的关系, 例如基因与某种疾病之间的关系。由于生物医学文献中同一概念有多种不同的表示方法, 同时文献中也可能出现很多语料库中不存在的新概念, 因此生物医学文献关系抽取的难度较大, 国际上常用的关系抽取方法有共现方法、关键词方法、机器学习方法和自然语言处理方法[2]。这些方法在生物医学文献关系抽取中都存在一些不足之处, 有学者提出利用向量空间模型来识别文献中生物实体间的关系, 在现有方法的基础上进行开发或多种方法融合运用以期获得更准确的关系抽取结果。
本文主要介绍了生物医学文献的分类和关系抽取, 当前生物医学文本挖掘的研究热点主要集中在文献分类、信息检索、自动摘要、生物医学领域实体识别、文献信息关系抽取等方面。通过文本分类可以缩小搜索范围, 为后续的数据处理做准备;通过信息检索可以帮助用户在海量的文本信息中快速找到有价值的信息;通过自动摘要技术计算机可以自动地从原始生物医学文献中提取出主要内容, 使研究者不用花费较多时间就可以从海量的生物医学文献中获得有价值的信息。通过文献信息关系抽取技术可以从生物医学文献中抽取出特定的事实信息, 对生物知识网络的建立、生物体关系的预测和新药的研制等均具有重要的意义。
四、总结
文本挖掘是当今国内外学者研究的热点问题, 其在生物医学领域的研究具有广阔的应用前景和重要的现实意义。本文概述了在生物医学文献中文本挖掘的具体过程, 重点论述了文本挖掘在生物医学文献的分类和关系抽取中的应用和研究状况。文本挖掘技术在生物医学文献管理中的应用在近年来已取得了一定成果, 但在很多方面仍需要更深入地研究和探索, 文本挖掘技术的提升将会推动生物医学领域的发展进步。
参考文献
[1]杨斌, 孟志青.一种文本分类数据挖掘的技术[J].湘潭大学自然科学学报, 2001, 23 (4) :34-37
医学文献 篇10
在后基因组时代, 蛋白质被认为是复杂蛋白质作用网络中的重要因素, 蛋白质—蛋白质作用 (PPI) 在细胞的结构性和功能性组织的各个方面发挥着关键作用, 关于PPI的知识揭示了生物过程的分子机制。然而, 这类知识大部分隐藏在已发表文献、科技期刊、书籍和技术报告中。迄今为止, 超过1600万此类文章的引用可以在MEDLINE数据库中获得, 并且还建立了许多数据库以存储关于PPI信息的各种类型。然而, 为了确保数据得正确性, 这些数据库中的数据主要是以手工采集的, 但也因此限制了将纯文本信息转换为结构信息的速度。
目前, 已经开发了很多系统来进行PPI信息的抽取, 这些系统一般需要包括分区模块、蛋白质名称识别模块、PPI抽取模块和可视化模块等三到四个模块。分区模块主要将文档划分为基本的块;蛋白质名称识别模块主要用于蛋白质名称的识别;PPI抽取模块则是系统的最主要环节;而可视化模块虽不像前三个模块那样关键, 但是它为用户提供了一个友好的接口从而允许用户可以深入研究所抽取的知识为了评估一个信息抽取系统的性能, 通常采用的评估指标主要有正确率、召回率和F值, 它们的定义如下:
两者的取值都在0和1之间, 数值越接近1, 正确率或召回率就越高。在实际应用中需要综合考虑它们的加权调和平均值, 也就是F值, 其中最常用的F1值, 当F1值较高时说明试验方法比较有效。F1值定义如下:
本文侧重于PPI抽取模块, 对现有方法进行了简单综述。通常, 现有的方法依赖于一个或多个领域的技术, 包括信息检索、机器学习、自然语言处理、信息抽取和文本挖掘等。早期的所用的方法主要依赖于命名实体共现和模式匹配, 而后期则主要采用可以处理复杂句子中关系的可计算语言学技术。
2 方法
通常, 现有的方法可以被分为三类:基于计算语言学的方法、基于规则的方法和基于机器学习和统计的方法。
2.1 基于计算语言学的方法
基于计算语言学的方法采用语言学技术从句子中提取语法结构或语义。在这种方法中, 首先对语料库进行解析以获取每个句子的形态学和句法信息, 在这之后才能完成识别PPI信息等复杂的任务。然而, 对生物学领域中的非结构化文本进行解析是非常困难的。
这类方法可以根据所采用语言学方法的复杂性进一步划分为浅解析或深解析。浅解析执行句子结构的部分解析, 它旨在通过牺牲分析的完整性和深度来从文本中高效可靠地提取句法信息。它首先将句子分为非重叠块, 接着抽取块间的局部依赖而不重建整个句子结构。浅解析在捕获一个句子实体间相对简单的二元关系方面表现良好, 但是无法识别关系子句中更加复杂的关系。对包含三个或更多实体间复杂关系的句子来说, 浅解析方法通常会产生错误的结果, 这时采用基于全句的深解析方法往往更加精确。深解析以构造语法的方式为基础分析整个句子, 这通常可以得到较好的性能, 但是却具有较高的计算复杂度。基于深解析的方法可以被分为通过人工定义语法的唯理论方法和通过观察自动生成语法的经验主义方法。
2.2 基于规则的方法
在基于规则的方法中, 需要定义建立在单词或词性标记上正规表达式的规则集, 并以此为基础识别实体间的关系。
通常, 理论上来说, 使用预定义的规则可以产生令人满意的结果, 然而在实际应用中却是不可行的, 因为当转移到另一个域时, 仍需要繁重的工作以重新定义规则集。
现有的基于规则的方法可以通过突破被抽取的互相作用集合上的整体局限和被处理句子的复杂性进行识别规则的扩展。但是, 这些方法经常忽略许多复杂的实例, 比如跨越文本多个句子的互相作用。基于规则方法的缺点是它们无法处理除比较短的以及直接陈述以外的任何句子, 而基于规则的方法能够处理的句子在正常的生物医学文献中是相当少的。这种方法忽视了句子结构的很多重要方面, 比如句子的语气、情态和否定, 而这些都可以显著改变甚至完全颠倒句子的意思。
2.3 基于机器学习和统计的方法
在生物信息学领域, 已经应用了很多机器学习方法, 这些方法涵盖了从在术语共现基础上推断术语间关系的简单方法到采用NLP技术的复杂方法。
很多以蛋白质名称共现的发现为基础的机器学习和统计方法已经被用于PPI信息抽取, 如果以挖掘单位为基础, 它们可以被进一步分为三种类型, 如摘要、句子等。后来的系统采用了其他的技术, 如隐马尔科夫模型和支持向量机来识别描述PPI的句子。一般来说, 使用基于机器学习和统计的方法检测PPI的过程可以被分为三个阶段:建立训练和测试语料库、构建判别词和通过讨论PPI的可能性对测试语料库中的每个摘要进行评分。
一般来说, 基于蛋白质共现的简单统计方法往往不能精确地描述蛋白质间的关系, 因而会产生比较低的F1值。相反, 复杂的统计模型需要大量训练数据估计模型参数, 但这在实际应用中通常难以实现。在实际应用中, 许多现存的系统都采用了结合来自两个或更多上面所提方法的混合方法以获得较好的性能。
3 所面临的挑战和可能的解决方案
在不久的将来, 知识发现工具将在系统生物学中起到关键的作用。近些年来, 生物医学的信息抽取已经从简单的基于规则的模式匹配发展到复杂的、应用计算语言学技术的混合解析器。但是知道现在, 仍存在一些诸如性能差、无法处理生物实体间可变关系以及被抽取的知识自相矛盾等障碍, 以后的发展, 必将以解决这些问题作为首要的问题。
摘要：在最近几十年中, 生物医学取得了令人瞩目的巨大发展, 涌现出了大量实验性和可计算生物医学数据, 同事, 相关的生物医学文献呈现出了指数增长。同时, 科学界一直对利用文本挖掘工具发现诸如蛋白质关系等对特定分析任务相关和有用的知识有巨大的兴趣。本文提供了一个生物医学领域蛋白质相互作用发现的一个基本轮廓, 同时讨论了该领域进一步发展所面临的挑战, 并且讨论了可能的解决方案。
关键词：生物医学文献,蛋白质相互作用,信息抽取
参考文献
[1]陈谋通, 刘建军.蛋白质相互作用的研究方法[J].生物技术通报, 2009.
[2]冀俊忠, 刘志军, 刘红欣等.蛋白质相互作用网络功能模块检测的研究综述[J].自动化学报, 2014, 40 (04) :577-593.
医学文献 篇11
今日文献展
展览时间
每三年一届
展览地点
今日美术馆
在刚刚结束不久的第88届奥斯卡金像奖颁奖典礼上，全球影迷都在为终得圆满的“小李子”欢呼呐喊；而说到文献展，我们自然会条件反射般的联想到素有“艺术界奥斯卡”之称、拥有最悠久历史的德国卡塞尔文献展。进入卡塞尔文献展的艺术家，虽不及“奥斯卡”一人称帝之快，但也基本能正面并积极的反映参展艺术家在国际艺术领域中的学术实力与认可。
然而，近年来随着中国、亚洲，乃至更多第三世界国家和地区当代艺术的异军突起，以及他们在国际艺术市场的炙手可热，随之涌现出越来越多的优秀艺术家，显然已经不能仅仅依靠、也不能局限于唯一一个以西方意识、意志为主导和价值判断标准的文献展做全权定夺。于是，我们看到了上述地区许许多多令我们目接不暇的各类双年展、三年展的接踵而至：这时，一个体量可观、学术过硬，为中国、亚洲，或更广阔的非西方中心的世界地区艺术代言，更能体现艺术家学术分量的文献展的诞生，就显得尤为呼之欲出。今日美术馆自2007年开始施行、每三年举办一届的大型美术馆文献展——“今日文献展”至今已成功举办两届（2007、2010），在截稿前，据笔者了解，今年，第三届今日文献展在停摆后迎来了重新启程，为此，我们特地采访了今日美术馆馆长高鹏，以及“今日文献展”负责人、今日美术馆展览及学术副馆长晏燕，通过他们的经验与介绍，为大家起底作为中国资历最老的非盈利民营美术馆，在树立属于自身的文献展时，曾做过、正在做，以后又将如何做出对展览筹划的相关考量和把握。
东方艺术·大家：能简单聊聊“今日文献展”的诞生源起吗？哪年开始有了做“文献展”的设想？
高鹏：众所周知，“文献展”最早起源于德国卡塞尔文献展（Documenta），它的周期相对较长、五年一届，而且卡塞尔文献展和传统的双年展、三年展等从创立之初就拉开了一定距离：它的关注点更侧重于严肃艺术的学术梳理和话题性创建，并持续反映和总结世界范围内五年中的艺术潮流动向，也对未来艺术的面貌做出影响和判断。
今日美术馆作为国内创始最早的非盈利民营美术馆，在其创办之初就策划自身的学术品牌展——“今日文献展”，每三至五年举办一次，富含着今日美术馆对“文献展览”的独特定位以及理解。今年第三届“文献展”的总策展人仍是黄笃先生。
第一届今日文献展（2007年）以“能量”为主题，探索国内当代艺术发展的现状及问题，第二届今日文献展“调节器”（2010年）将视角伸向国际部分，曾邀请了意大利贫穷艺术大师库奈里斯，德国雕塑家迪肯等国际艺术家参加展览与中国艺术家进行交流与互动。
东方艺术·大家：那么，对历届“今日文献展”投入支持的资金来源构成是怎样的？压力大吗？
高鹏：大型文献展的预算至少是几百万费用，除此之外，我们还需要始终保持学术上的严肃与独立性。所以，相应资金的稳定支持，确实是筹划一次文献展级别的展览的难点。资金的获得通常来自企业赞助商、政府相关组织。压力还是可见的，到目前为止第三届今日文献展的赞助资金并未完全落实。在今年整体经济大环境不佳的背景下，再去坚持筹办极其消耗资金资源的大型文献展或许显得有些任性，但最后我们之所以一致认为仍然需要坚持做下来的理由，是因为我们运营美术馆的目的最终还是为了支持严肃艺术，支持当下所需要的展览。
当然，为此我们更需要采取多元化的运营方式，来保证美术馆的生存，才能做深入长远的打算，我们目前也正在申请国家项目的支持可能，而资金要根据活动的具体方案来落实。
东方艺术·大家：如此般坚持“文献展”项目，你们觉得“文献展”对于一个美术馆来说意味着什么？
高鹏：一个美术馆归根结底是一个学术研究机构。严格来说，美术馆需要有对学术形势的判断和导向的素质与能力，这是评价一个美术馆的根本，所以我们也通过文献展，来更清晰的传达今日美术馆对学术梳理的负责态度，这也符合我们今年做展览的一贯明确的严肃学术线索和初衷，“今日文献展”将继续作为今日美术馆的名片之一。
晏燕：“今日文献展”对今日美术馆来说还有两层意思：一个就是它表面看起来是“今日美术馆”的文献展，另一层则是由字面引申出的“今天的文献展”。其中“文献”的词义带有“记录”之意。因此，今日美术馆推出的文献展，有别于国际上对文献展的固有认识，我们的理念是把当下可能进入未来文献的艺术家固定在今日文献展这个框架内——也就今天我们所选定地区、艺术家，作品必须具有学术上的实力和稳定性，他们必须足以反映其所代言的那部分艺术面貌和生态一隅，并且一定具有持续的艺术生命力，足以承担起至少是我们可预见的未来；我们也力图使今日的艺术家成为明日之文献，去做到一个记录、见证时代的工作。我们的侧重点在于：
将今日的艺术家锁定在明日的文献中，这是一个具有前瞻性的动态行为。
事实上在前两届“今日文献展”我们一直在做的也是探讨如何夯实学术的问题，前两届产生重大回响的原因也在于此。当下，我们积极以国际视野构建的第三届“今日文献展”，将比前两次更为透彻和具体，将以亚洲地区为主，并将中国艺术放在主体的位置，这样同一区域的差异和相似性都会被如实反映出来。与此同时，将拉丁美洲的艺术作为单独的板块展出，展示这片被魔幻现实主义影响一百多年的土地上，散发的当代艺术气质及原始艺术活力。除此之外，还邀请欧美主流的当代艺术家一起，全面而立体的探讨及深入互动。总而言之，第三届“今日文献展”将成为一个我们观察世界、反射自己的窗口，这也是今日美术馆作为一个立足本土、着眼世界当代艺术发展的美术馆的应尽责任。
东方艺术·大家：除了“今日文献展”，今日美术馆还有许多我们熟知的常设展览项目，高鹏先生作为馆长是如何平衡不同类型的展览的？
高鹏：今日美术馆有多个常设展览活动，比如大学生提名展、发现青年艺术家，找朋友计划，以及一些频繁与大众互动的定期特色项目等，这些展览活动的齐头并进，使得更大范围的公众对美术馆的认可度也逐渐提高了，赞助商变得对我们越来越有兴趣。
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但在品牌建设日渐成熟的同时，也带来了等量的压力，因为这个时候你获得的包括资金在内的所有资源的走向、你接下来要做的事情就会显得更重要。我们愿意把这几年通过不同方式努力积累下来的资源和资金，拿过来继续投入在包括“今日文献展”在内的更多严肃艺术项目和展览之中。我认为，这也是非盈利机构与盈利机构的本质区别。
东方艺术·大家：与传统国家大型美术馆或同级机构相比，“今日文献展”的优势在哪里？还有哪些困难？
高鹏：要说优势的话，可能就是我们策展的灵活度相对更高，困难主要仍是资金筹集方面。此次“今日文献展”站在“混合发展”的高度上，将视野聚焦国际，促成国际对话；换个角度想，中国当代艺术本身属于国际化的一部分，但仍需要去严肃思考中国当代艺的出路和世界当代艺术的现状之间的联系，过去我们总是孤立得探讨这两个话题。
东方艺术·大家：能否透露“今日文献展”今后的发展方向，今日美术馆未来又有怎样的愿景或新规划？
晏燕：今日文献展未来的发展方向，无论是第四届、第五届还是再往后延续，其初衷都不会脱离“未来的文献在当下展览框架中呈现”这个总核心。当然，“今日文献展”并不是不可被时代左右的，其主题也会随时间的改变而改变，但一定不是为了改变而改变。客观的说，做“文献展”的必要性、方向性和内容会一定会随大环境的变化而变化，第三届今日文献展的主题也是围绕近几年的全球政治、经济以及艺术格局的变化而产生的。今日美术馆作为有担当的非盈利美术馆，其角色形象因此更为分明，虽然我们资金能力有限，但也会一直坚持做对的、有价值的，对艺术有贡献的事，这三点是不会受任何因素左右、也永远不会改变的。
高鹏：今日美术馆一直在探讨当代艺术的多元化，举一个最简单的例子：当下普通公众对艺术的理解可能还停留在挂在墙上的绘画作品。事实上艺术发展到今天，其表现方式已经随世界的变化而发生了巨大改变，比如多媒体、数字艺术正在快速瓦解大众对美术馆、对艺术的刻板认知，我们也在通过对场馆的适应性处理和改造，来尽可能满足新兴艺术形式的呈现需求，时刻着眼未来也是一个美术馆的必要责任。
比如说我们在去年推出的“今日未来馆”就将是一个持续的大型项目，今后每两年都会做一次，对其投入的比例也将逐渐加大。以“未来馆”为代表的一部分展览项目和以“文献展”为代表的展览，今后很可能将采取双线发展策略、两条腿走路。我认为未来的艺术将会模糊国别地域，族群化将成为不同艺术家的最主要区分特征，艺术的分类将变成相同兴趣爱好、审美取向，认知的分类，任何物理空间的距离和隔阂将会随媒介与艺术表达方式的更新而被打破。但我们也同时相信，做“文献展”的时机反射弧还足够长，“文献展”对梳理历史脉络的重要性在短期内仍是不可替代的，它的生命周期还没有结束。所以说，无论是“未来”还是“历史”，它们并没有对错之分，只有分工和发展逻辑的不同。对已有的、既成艺术的尊重，与对未来、未知可能性的探索和热衷同样宝贵。
今后，我们还会在不同的项目中，大胆启用年轻的艺术家和策展人，给今日美术馆和当代艺术带来持续的更新动力。
医学文献 篇12
1 对象与方法
1.1 对象
整群随机抽取我校已经完成和正在进行预防医学课程以及与预防医学有关选修课程学习的部分大三本科学生共290人作为调查对象。共发放调查问卷290份, 回收有效问卷285份, 有效问卷回收率为98.28%。其中男生101人, 女生184人;护理专业100人、精神专业95人、临床专业90人。
1.2 方法
采用自行设计的调查问卷, 内容包括非预防医学专业医学生对预防医学实习内容的要求, 涉及预防医学的校内实习问题、社区实习问题及疾病控制中心实习锻炼的问题等。
1.3 统计处理
全部资料均输入计算机, 经整理核实后, 使用SPSS 11.0软件进行χ2检验等统计分析。
2 结果
2.1 非预防医学专业学生对预防医学实验教学设置的认知状况
83.2%的学生认为预防医学实验教学内容对将来的工作、科研有帮助;60.0%的学生认为我校预防医学实验课程的设置基本合理, 对营养与食品卫生学实验内容比较感兴趣, 并希望通过预防医学实验课的学习进一步扩大知识面、获得一定的实践能力;58.6%的学生希望通过预防医学实验课的学习掌握解决实际问题的能力;50.0%以上的学生认为应增加健康教育与健康促进和现场调查技术课。
2.2 不同性别、专业的学生对预防医学实验教学方法改革的建议 (见表1)
注:与男生比较, *P<0.05;与护理专业、精神专业比较, #P<0.05
2.3 不同性别、专业的学生对预防医学实习内容安排的建议 (见表2)
注:与男生比较, *P<0.05;与护理专业、精神专业比较, #P<0.05
2.4 不同性别、专业的学生进入社区实习相关情况的调查
学生感到参加预防医学社会实践的机会较少者占2.5%~13.3%, 84.2%的学生希望将来能够参加社会实践, 大部分学生 (91.6%) 认为安排进入社区实习是有必要的。有60.0%的学生希望社区实习安排在校内学习期间, 28.4%~30.9%的学生认为进入社区实习的时间应为2~4周。不同性别、专业的学生对社区实习内容的要求见表3。
注:与男生比较, *P<0.05;与护理专业、精神专业比较, #P<0.05
2.5 不同性别、专业的学生对进入疾病控制中心实习相关情况的调查
90.9%的学生赞成进入疾病控制中心实习, 27.0%~33.7%的学生认为进入疾病控制中心实习的时间应为2~4周, 42.1%的学生希望疾病控制中心实习安排在校内学习期间。不同性别、专业的学生对疾病控制中心实习内容的要求见表4。
注:与男生比较, *P<0.05;与护理专业、精神专业比较, #P<0.05
3 讨论
调查发现, 非预防医学专业学生参与社会实践的机会较少, 要求增加有意义的预防医学实验课内容和进入社区、疾病控制中心实习的机会。进行模拟角色表演、在模拟实验室教学等方法能调动学生主动参与教学的积极性, 大部分学生都要求进行教学改革。在校实习一般采用计算器进行统计分析, 计算机的应用很少, 所以学生对应用计算机进行统计学实习的要求较高。一般医学院校女生较多, 特别是护理专业, 由于其性格特点, 在校期间精力主要在学习上, 对未接触过的知识好奇心强, 所以女生对进入社区、疾病控制中心实习及锻炼的要求更强烈 (P<0.05) 。护理专业学生相对于临床及精神专业面对的人群更广泛, 所以在对社区实习内容的要求上, 护理专业要求更多、更强烈 (P<0.05) 。由于调查对象中部分学生在调查时仍未完成预防医学课程, 只有50.2%的学生树立了“预防为主”的医学观念, 但也从侧面说明部分非预防医学专业的学生对预防医学的重视程度还不是很高。
通过这次问卷调查, 对非预防医学专业医学生预防医学实习要求有了一定的认识和了解, 为我校进一步推动非预防医学专业预防医学实习教学的改革提供了一定的参考。在下一步预防医学实习教学、社区实习及进入疾病控制中心实习的改革中, 我们要在完成培养目标的基础上, 尽量满足大多数非预防医学专业学生的要求, 提高非预防医学专业学生对预防医学的兴趣。同时, 在整个实习教学过程中, 将非预防医学专业学生的专业课、预防医学及社区医学结合起来, 使学生既懂得群体预防, 又懂得个体预防[1,2], 加深其对社区卫生服务的了解程度, 提高其解决问题的能力, 强化其预防医学的群体观念。根据预防医学的发展态势, 对疾病的预防教育观念实行4个转变:从传染病预防扩大到一切病的预防, 从重点预防扩大到全面预防, 从技术预防扩大到社会预防, 从生物预防扩大到心理预防, 将临床医学与预防医学紧密地结合在一起, 解决两者之间脱节的问题。
参考文献
[1]张凯, 王学春, 陈廷, 等.改革预防医学教育模式, 培养学生创新能力[J].医学教育探索, 2006 (11) :1006-1007.